Le joueur y incarne Indiana Jones dans sa quête pour retrouver la cité engloutie de l'Atlantide. Pour cela, il est assisté par Sophia Hapgood, une ancienne collègue archéologue dotée de capacités psi. Les deux héros sont poursuivis par les Nazis qui cherchent à utiliser le pouvoir de l'Atlantide comme arme de guerre.
Battle Island throws you into an alien invasion as a lone elite commando. Armed with your M16 and a pack of smart grenades, you must recover eight pieces of the Bailey Bridge to reach the Neutron Beam Weapons Base – and destroy the weapon to save your comrades. Along the way, swarms of alien troops, tanks, and laser emplacements stand in your path. Some enemies drop stars that grant temporary power-ups like double shots, rear fire, unstoppable bullets, or shields. Battle Island is an explosive fight for survival where every step forward is a hard-won victory.