Secret of Evangelion es un juego RPG con una mecánica sencilla, desde una pantalla escogeremos un destino y una vez allí, se activará una escena o diálogo, de la cual deberemos extraer las pistas para decidir nuestro siguiente movimiento.
En este juego encarnamos a un agente de NERV llamado Kyouya Kenzaki, un miembro del Departamento de Inteligencia que llega a Tokio-3 junto con el Evangelion Unidad 04.