In naher Zukunft ist die Zivilisation aufgrund der legendären "Großen Zerstörung" zusammengebrochen. Es ist menschenleer, saurer Regen fällt weiterhin, und wilde Monster streifen durch die Straßen. Die kaum überlebenden Menschen werden durch Gewalt regiert, nicht durch den Staat oder das Gesetz. Die Geschichte, die in einer so zerstörten Welt spielt, beginnt mit einem Jungen (der Hauptfigur), der seine Eltern verloren hat, und seiner Pflegemutter Maria, einer fähigen Soldatenfrau, die in ein Dorf kommt, um die Menschen vor den Bias-Greifern, einer bösen Armee von "Menschenjägern", zu schützen. Schon bald stehen sie einem Feind gegenüber, von dem man befürchtet, dass er die stärkste der Greifer-Legionen ist! Auf die beiden wartet ein unerwartetes Schicksal. Dies ist der zweite Teil der RPG-Serie, der eine dramatische Handlung in das hochflexible Spielsystem integriert, das im ersten "Metal Max" gut ankam. Ein neuer Begleiter wird Pochi, der bionische Hund, sein.