Negima!? Neo-Pactio Fight!! est un jeu de combat en 3D. Les arènes du jeu sont en 3D et les personnages peuvent se déplacer dans toutes les directions, ainsi que sauter. Jusqu'à quatre joueurs peuvent jouer en mode bataille. Les commandes sont actionnées à l'aide de la télécommande Wii et du Nunchuk (la manette classique et la télécommande Wii (utilisées latéralement) sont également prises en charge comme méthodes de contrôle). Certaines attaques et mouvements impliquent de déplacer rapidement la télécommande Wii vers la gauche et la droite ou vers le haut et le bas.